Sejak didirikan pada bulan November tahun 2000, Fahmina-institute memang dicanangkan untuk bergerak pada kajian sosial keagamaan dan pendampingan masyarakat marjinal. Melalui program-program yang dilaksanakan, Fahmina selalu berjuang untuk menciptakan struktur sosial yang lebih adil, di mana setiap orang akan menjadi berdaya dan memiliki kesempatan yang sama untuk bisa menjadi kuat, baik secara politik, sosial maupun budaya.

Saat ini Fahmina memiliki empat divisi program, yaitu Islam dan Gender, Islam dan Demokrasi, Islam dan Penguatan Otonomi Komunitas, dan Pusat Data, Informasi dan Media.

Program-program dikembangkan berdasarkan pada kerangka dasar berikut ini :

  • Mengacu pada visi dan misi, yaitu pengembangan dan penyebarluasan wacana keagamaan kritis yang mengarah pada perubahan sosial yang berkeadilan (al-‘adalah) dan demokratis, dan memfasilitasi keberdayaan dan melakukan pembelaan terhadap masyarakat yang tertindas melalui penguatan partisipasi masyarakat dalam pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya.
  • Mendasarkan pada rekomendasi hasil penelitian pendahuluan (preliminary research) .
  • Berorientasi pada transformasi sosial melalui pengguliran issue-issue strategis dari kenyataan sosial yang digeluti oleh masyarakat.
  • Mendasarkan pada argumen-argumen teologis pada khazanah intelektual dan peradaban keislaman, baik klasik maupun kontemporer.
  • Memprioritaskan pada penguatan tiga ranah
    • Sosial-intelektual: program diarahkan pada produksi wacana keagamaan kritis dan penguatan teologi pembebasan sebagai basis gerakan sosial
    • Sosial-budaya: program diarahkan pada pengembangan kultur masyarakat yang berorientasi pada perubahan sosial untuk keadilan sosial
    • Sosial-politik: program diarahkan pada pengorganisasian berbagai kelompok masyarakat agar mandiri, berdaya, dan mampu menciptakan kebijakan publik yang adil
  • Mengupayakan realisasi program melalui:
  1. Pengkajian dan penelitian yang berorientasi pada transformasi sosial.
  2. Pendidikan yang berorientasi pada pembentukan agen perubahan sosial dan penciptaan komunitas intelektual kritis yang bermartabat.
  3. Produksi hasil kajian dan karya intelektual bermazhab kritis.
  4. Fasilitasi tumbuhnya kelompok-kelompok kritis-strategis yang memperjuangkan keadilan sosial, demokratisasi, dan tegaknya hak asasi manusia.
  5. Advokasi kebijakan publik agar berpihak kepada masyarakat yang tertindas demi keadilan sosial.